鸡新城疫目前虽然有多种疫苗和免疫方法，但是该病在我国的发病率却仍是居高不下，而各种因素对疫苗免疫的影响是造成免疫失败、该病多发的主要原因。
一、雏鸡母源抗体高、离散性大
对策：采用弱毒苗与灭活苗同时免疫
雏鸡母源抗体高、离散度大的原因之一是由于种鸡群的年龄不同，免疫次数、方法和时间不一，以及不同批次种蛋同时入孵等原因，致使雏鸡群体和个体之间母源抗体水平差异很大，从而影响免疫效果的一致性；二是被污染野毒的鸡群，母源抗体水平较高，离散性很大。若不考虑鸡群的具体情况就进行弱毒苗的免疫，则会有相当数量的鸡只因母源抗体的干扰而不能达到预期免疫效果。
克服母源抗体对雏鸡免疫效果影响的最好办法，是采用弱毒苗与灭活苗同时免疫，其中活苗可刺激呼吸道黏膜产生局部免疫；灭活苗注射后则释放缓慢，可持续刺激机体免疫系统，产生最佳的体液免疫，使抗体水平高，维持时间长。
因此，雏鸡应在7-10日龄用弱毒苗点眼，同时注射灭活苗，应该注意的是灭活苗产生抗体反应缓慢，通常需3周后才出现抗体。所以，可于18-21日龄进行第二次活苗点眼（鼻）或饮水（4倍量）。
二、免疫抑制因素的影响
对策：减少免疫抑制因素，提高免疫力
免疫抑制也是导致新城疫免疫失败的重要原因，这里包括免疫抑制病对新城疫的免疫干扰，也包括其它疾病和不良环境因素或应激造成的机体免疫功能下降。 免疫抑制病主要有肿瘤病毒[马立克氏病毒、网状内皮细胞增生症病毒、禽白血病病毒（J亚群禽白血病病毒)]、呼吸道病毒（禽流感病毒、传染性喉气管炎病毒、禽呼肠孤病毒）和中枢免疫抑制病毒（鸡传染性贫血病毒、传染性法氏囊病毒）等。 网状内皮细胞增生症病毒的亚临床感染在我国鸡群中相当普遍，特别是常与新城疫病毒、J亚群禽白血病病毒和鸡传染性贫血病毒等混合感染，这种情况下对新城疫造成的免疫抑制更为严重，通过对禽流感病毒（H5、H9）及新城疫病毒免疫抗体检测发现，其抗体水平均表现低下，特别是网状内皮细胞增生症病毒与其它病毒共同感染时，均在免疫抑制效应上表现很强的协同抑制作用。
三、疫苗质量和疫苗间干扰
对策：采用浓缩疫苗，合理免疫
疫苗质量与制苗种毒的免疫原性和抗原含量有关 抗原含量国际上用PD50表示（PD50即保护50%的最小免疫剂量），合格疫苗每头份（0.5毫升）应含＞50 PD50，（即将疫苗50倍稀释，0.5毫升免疫仍能保护50%，为1个PD50）。国内规定，用新城疫油苗对10只1~2月龄易感鸡注射0.2毫升油苗，3~4周后用10-8 ELD50的F48E9强毒攻击至少保护7只以上，而5只对照鸡全部死亡。
优质的油苗肌注15日龄雏鸡0.2毫升，HI抗体达6~7log2，可保护3个月；肌注120日龄或成鸡0.5毫升，HI抗体达11~14log2以上，可保护8个月以上。
劣质的油苗除种毒免疫原性差等原因外，主要是因为疫苗中病毒含量不足，建议临床应用时要采用浓缩的新城疫油苗，特别是联苗。
疫苗间的干扰 传染性支气管炎病毒可对新城疫病毒繁殖产生干扰，用新城疫病毒接种鸡胚，HA效价为640；先接种传染性支气管炎病毒数小时后再接种新城疫病毒，HA效价降为40～80。传染性支气管炎疫苗如果先于新城疫疫苗免疫时，对新城疫活苗免疫效果也有干扰作用，因此新城疫活苗免疫应先于传染性支气管炎疫苗免疫7天以上，或用新城疫和传染性支气管炎联苗免疫。
传染性法氏囊疫苗对新城疫疫苗免疫效果的影响主要是强毒传染性法氏囊活苗免疫后可造成法氏囊萎缩，从而影响新城疫疫苗的体液免疫，所以在进行传染性法氏囊疫苗免疫应不用毒力强的疫苗。
四、免疫程序不合理
对策：制定免疫程序时考虑局部免疫
免疫程序不合理,不知抗体水平而频繁免疫造成免疫麻痹或盲目推迟免疫出现免疫空白，是导致免疫失败的重要原因之一。
在制定免疫程序时务必考虑活毒疫苗的局部免疫，如果仅用灭活疫苗，呼吸道、消化道黏膜和生殖道等局部的免疫保护大多不足。在缺少局部免疫抗体时，机体需要有更高的循环抗体才能阻止新城疫的感染。所以开产后的鸡群每2-3个月应用活毒疫苗点眼（鼻）气雾或饮水一次，以提高呼吸道黏膜的局部免疫力，每隔3-4个月油苗免疫一次，以维持高水平抗体免疫。
推荐蛋鸡、种鸡采用以下免疫程序：7-10日龄IV系点眼；14-18日龄IV系点眼，同时注射灭活油苗；50-60日龄I系肌注；110-120日龄肌肉注射灭活油苗；240-260日龄再次注射灭活油苗。开产后每2-3个月用活苗饮水1次，每隔3-4个月用油剂灭活苗一次。 肉鸡建议7-10日龄用IV系点眼，同时注射灭活苗，如遇生长期较长的肉鸡品种，则应在40日龄后肌注I系或气雾免疫IV系苗。
五、野毒（包括超强毒）污染
对策：定期进行抗体监测
受新城疫污染的鸡群HI抗体水平偏高，且离散性较大，最好先监测HI抗体，免疫后再定期监测抗体，及时补防，以免新城疫再次感染。
正常鸡群免疫后抗体可迅速上升，维持一段时间后再有规律地下降，而新城疫污染的鸡群HI抗体水平偏高，且离散性较大，用新城疫疫苗免疫后抗体水平往往不见上升或略有上升，但抗体的衰落较正常免疫的鸡群快，因此在作新城疫免疫时必须弄清被免鸡群的背景情况，对有呼噜、产蛋下降或可疑鸡群，免疫时应慎重，最好先监测HI抗体，免疫后再定期监测抗体，及时补防，以免新城疫再次感染。
另外，有应激因素存在、营养不良、免疫操作不当及滥用药物等因素也可引起机体发生免疫失败。