鱼肝油临床使用大多用来补充维生素A和维生素D；如当蛋鸡出现蛋壳质量不好薄壳蛋、破蛋、软蛋较多或钙吸收不良引起的瘫痪时使用，在肉鸡上也常用于改善肉鸡骨骼质量。许多兽医专家在实践中发现，鱼肝油用于一些疾病的辅助治疗，效果很好，现列举如下：
1.发生呼吸系统疾病（传支，传喉，支原体，新城疫，流感等）时，采用鱼肝油辅助治疗，能有效修复呼吸道粘膜，保护呼吸道上皮细胞的完整性，防止病毒细菌入侵和增强呼吸道免疫宿主的良好性，增强抗体的产生。
2.发生肠道性疾病（肠炎、肠毒综合征、球虫等）时，鸡群出现腹泻，水泻，黄白粪便，肠粘膜大量脱落时，治疗时用抗菌素配合鱼肝油进行辅助治疗应用，能快速修复因病原性和非病原性造成的肠道损伤和肠粘膜的脱落，增强肠道功能，缩短病程，加快鸡群恢复。
3.在肾脏疾病或输卵管疾病发生时辅助使用修复肾小球和肾脏粘膜及输卵管粘膜。夏季新母鸡病且出现零星猝死症状时，鱼肝油加倍使用效果明显。此外，鱼肝油在对抗家禽热应激及注射疫苗应激方面也具有较好的效果。
鱼肝油之所以有以上作用和其所含成分密切相关，其中VA、VD能促进钙的吸收利用众所周知，因此二者作用能有效改善家禽的骨骼及蛋壳质量；同时VA在修复粘膜过程中作用明显，因此鱼肝油在配合治疗上述破坏黏膜组织的疾病时，能加快机体黏膜组织的修复，缩短病程，使家禽快速恢复到正常生理状态。同时VA作为维生素中抗应激作用明显的维生素（VA、VC、VE）之一，同时具有较好的抗应激作用。