9月份秋高气爽，早晚温差较大，受环境应激的影响，9月份蛋鸡感染疾病的种类增多，疾病的损伤程度加大。主要表现为禽流感H9发病率高且大部为持续性感染，为其它疾病的发生创造了条件；由绦虫、使用新玉米等引起的肠炎绵延不休；受环境刺激的影响，呼吸道疾病呈上升趋势。
一、禽流感H9发病率高且大都为持续性感染
9月份禽流感H9的发病率依然占到很高的比例，对感染禽流感H9的养殖场进行监测发现，一旦鸡场感染了禽流感H9，若没有从生物安全方面入手进行综合防控，禽流感H9病毒就会在鸡场里持续和反复感染。禽流感H9抗体水平呈规律性的下降、上升波动。这正是这种持续、反复性的感染，鸡群长期处于一种亚健康状态，为其它疾病的发生创造了条件。如禽流感H9与大肠杆菌混感、与传染性支气管炎混感、与法氏囊混感、与沙门氏菌混感等，这往往加大了疾病的诊治难度。对于这样的鸡群一方面要通过有计划的消毒措施降低环境中病毒含量，一方面通过提高鸡群免疫力等手段减少病毒在鸡只体内的复制；一方面通过免疫降低鸡只向外的排毒量。
二、由绦虫、使用新玉米等引起的肠炎绵延不休
虽然高温高湿的环境已悄然离去，但蛋鸡肠炎依然是养殖场难缠问题之一。大肠杆菌、沙门氏菌、梭菌等细菌性疾病、新城疫、禽流感等病毒性疾病随时乘机而入。而绦虫在肠道内大量繁殖、使用新玉米、霉菌毒素的影响等更是为这些微生的侵入创造了条件。导致很多鸡场的肠炎绵延不休。因此驱绦虫、小心使用新玉米、严禁使用霉变饲料和原料成为严控肠炎的一个措施。
三、受环境刺激的影响，呼吸道疾病呈上升趋势
受早晚温差较大的影响，呼吸道疾病呈上升趋势。如冷空气刺激黏膜所引起的轻微反应、禽流感H9、新城疫、传染性支气管炎、支原体等单独或混合感染引起的呼吸道疾病等。
10月份气温继续下降，经过夏季高温后鸡群体质较弱、秋季早晚温差较大、新玉米不断上市、病毒性疾病开始活跃等因素的存在，10月份应在以下方面做好防控。
一、加强管理，防控呼吸道疾病
秋天由于气温逐渐降低，而且早晚温差大，寒流不时侵袭，秋后风又多，蛋鸡的呼吸道病发生频繁，也容易传播。因此在管理上应注意舍内通风，保持昼夜温差的相对稳定；平时关注天气预报，气温高时加强通风降温，气温低或寒流到来时要注意关闭门窗，要避免舍内温度的剧烈波动。加强应激反应管理，尽量减小反应强度，给鸡群提供稳定的环境。对秋冬季产蛋鸡群常见的呼吸道疾病如新城疫、禽流感、传染性支气管炎、传染性喉气管炎等疾病提前做好防疫。
二、制定全面的禽流感H9防控方案，降低其它疾病的感染机率
根据检测云中心的数据和跟踪养殖场防控禽流感H9的方案，由于可能禽流感H9毒力的增强、变异等因素的影响，仅仅通过免疫现有的疫苗无法阻止禽流感H9的感染，因此应从多方面进行防控：
1、完善养殖场的隔离措施，减少传播。养殖场要执行“全进全出”制和单向生产流程，不同品种和不同日龄动物不能混养；各单位鸡舍和饲养人员可做到生产区的隔离等。
2、制定严密的消毒措施，降低环境中病毒含量。应从空间、时间、人员三纬度制定适合养殖场的可操作的详细消毒计划。
3、提高机体的抵抗力，环境污染严重时可使用生物制剂阻止病毒在体内的复制。
4、定期使用疫苗提高鸡体内的抗体水平，减少排毒量。
三、秋后免疫要抓紧，且谨防免疫应激
进入秋冬季节，防控禽流感应放在首位，要根据鸡群实际禽流感的抗体水平调整免疫时间。当H5-6和H5-7抗体水平小于7时，应及时免疫禽流感H5-6和H5-7疫苗；当H5-6和H5-7抗体水平小于5时，除按上述思路免疫完后应在15天再加强免疫一次，保障鸡群有较高和均匀的抗体水平；当H5-6和H5-7抗体水平大于9时，且极差小于4，离散度低于15%，可不用进行免疫，加强饲养管理，定期监测。在进行疫苗免疫时，易出现较严重的免疫应激反应，如免疫后出现产蛋率下降、死淘率升高等现象，影响鸡群生产性能的发挥，因此在进行新城疫弱毒苗免疫时和其它疫苗免疫时，先检测抗体水平，根据抗体水平的高低选择保健方案和确定免疫时间。
四、收购玉米多把关
各地的新玉米开始陆续上市，新玉米水分较多，易导致饲料中能量不达标，生产性能下降。因此在采购玉米时要及时检测玉米的水分含量，高于14个水的新玉米应等晾晒后再采购和使用。