在防治畜禽传染病过程中，合理消毒可以有效杀灭外界环境中的病原微生物，切断传染病的传播途径，达到理想的消毒效果。但是对于畜禽免疫之后的消毒，有个普遍的认识，即接种疫苗前后3天禁止消毒，以便防止消毒药影响免疫结果，从而避免免疫失败。但是这种认识其实是个误区，尤其是禽病的防疫。
第一，我们目前几乎还没有免疫后立即产生免疫保护的免疫疫苗和技术，短则一周，长要半月。具体到禽流感的免疫，一般来说灭活疫苗注射后机体需14天到21天才能产生有效的免疫保护，免疫后必须要为等待畜禽体内产生免疫力争取20天的时间。这20天非常关键，如果重大禽病免疫后不消毒，无疑就增加了家禽在免疫期间被感染的机会，十分危险！
第二，前后3天就是近一周的时间。对于免疫项目少、免疫周期长的情况还可以，可是对于饲养雏鸡来讲，就是个大问题，免疫程序完全把消毒时间给挤没了，使得整个育雏期几乎没有时间安排消毒，这个问题就大了。其实这也是很多养殖者免疫之后几天就发生各种疫情的原因。因此，畜禽免疫期间不消毒的习惯，隐患极大。
第三，畜禽免疫前后往往是舍内尘土飞扬，惊群频频，畜禽处于应激状态，生理机能防御能力极差，如果此时接触病原微生物，发生疫情在所难免。
当然，接种疫苗前后3天禁止消毒这一顾虑也不是毫无道理，因为消毒的确可以杀灭活疫苗。
尤其针对饮水免疫、滴鼻免疫及喷雾免疫所使用的活弱毒疫苗，一般惯例要求免疫前后2天、3天或饮水中加入其他有配伍禁忌的药物时，应暂停消毒。
看来免疫和消毒有矛盾，其实不然，消毒对免疫的影响，至今还没有精确的令人信服的科学实验数据（广大养殖户希望研究人员有这方面的实验数据）。相反有些实际例子说明，正确的消毒不会干扰免疫效果。
例如注射免疫，注射之前必须要给注射部位消毒，之后还要给注射部位尤其是针孔周围再消毒一次，而并没有因消毒而发生免疫失败。再分析其他免疫。饮水免疫有1~2小时后再正常供水的要求；喷雾免疫有“喷后经15分钟才可通风的要求。我们知道，饮水、通风也都起到了一定的消毒作用，如果正常供水，通风都不会干扰免疫效果，那么恰当正确的“体外”消毒也不会干扰免疫效果。
总之，搜牧喜蛋认为，畜禽免疫期间不能消毒的认识是个误区。那么免疫之后何时消毒呢？一般可根据免疫方法来确定。重大禽病的注射免疫之后可以立即消毒，如空气、饮水、喷雾消毒等等；而饮水免疫、滴鼻免疫及喷雾免疫之后间隔2个小时以上即可消毒，并且保持消毒效力可持续达到21天以上。
免疫之后及时消毒，对于在发生传染病时采用紧急免疫接种更是必须的，它可以阻击病原微生物的进攻，为畜禽体内产生免疫力争取到必要的时间。所以我们经常说：“做好消毒，养殖无忧”。